Ioannes Doukas Vatatzes, chào đời khoảng năm 1192 ở Didymoteicho, có lẽ là con của tướng Basileios Vatatzes, Công tước Thracia, người qua đời vào năm 1193 và vợ ông, một cô con gái vô danh của Isaakios Angelos và là họ hàng của Hoàng đế Isaakios II Angelos và Alexios III Angelos. Gia tộc Vatatzes lần đầu tiên trở nên nổi bật trong xã hội Đông La Mã trong thời kỳ Komnenos và đã tạo dựng các mối liên hệ hoàng tộc thời kỳ đầu khi Theodoros Vatatzes kết hôn với công chúa porphyrogennete Eudokia Komnene, con gái của Hoàng đế Ioannes II Komnenos.[1]

Ioannes Doukas Vatatzes có hai người anh lớn tuổi. Anh cả là Isaakios Doukas Vatatzes (mất năm 1261), đã thành gia lập thất và có hai đứa con: Ioannes Vatatzes (sinh năm 1215), kết hôn với Eudokia Angelina và có hai cô con gái: Theodora Doukaina Vatatzaina, về sau lấy Mikhael VIII Palaiologos; và Maria Vatatzaina, về sau gả cho Mikhael Doukas Glabas Tarchaneiotes, thống đốc quân đội xứ Thracia.[1]

Là một người lính ưu tú xuất thân từ một gia đình quân đội, khoảng năm 1216 Ioannes đã được Hoàng đế Theodoros I Laskaris chọn làm người chồng thứ hai cho cô con gái Eirene Laskarina và thừa kế ngai vàng sau cái chết của người chồng đầu tiên Andronikos Palaiologos. Sự sắp xếp này đã loại trừ tư cách kế vị của các thành viên thuộc gia tộc Laskaris, và đến khi Ioannes III Doukas Vatatzes trở thành hoàng đế vào giữa tháng 12 năm 1221,[2] sau cái chết của Theodoros I vào tháng 11,[3][4] ông đã phải trấn áp các thế lực chống đối ngôi vị của mình. Cuộc đấu tranh đã kết thúc qua trận đánh ở Poimanenos vào năm 1224, đẩy những đối thủ của ông phải nếm mùi thất bại dù được sự hỗ trợ tận tình từ Đế quốc Latinh của Constantinopolis. Thắng lợi của Ioannes III đã khiến Đế quốc Latinh phải nhượng bộ về mặt lãnh thổ vào năm 1225, tiếp theo là cuộc tấn công của Ioannes vào châu Âu, nơi ông chiếm được Adrianopolis.[5]

Việc chiếm hữu Adrianopolis của Ioannes III đã bị chấm dứt bởi Theodoros Komnenos Doukas xứ Ípeiros và Thessaloniki, kẻ đã đánh đuổi quân đồn trú Nicaea ra khỏi Adrianopolis và sáp nhập phần lớn vùng Thracia vào năm 1227. Việc Ivan Asen II of Bulgaria loại bỏ Theodoros vào năm 1230 đã chấm dứt nguy cơ gây chiến từ phía Thessaloniki và Ioannes III vội vàng liên minh với Bulgaria để chống lại Đế quốc Latinh.[6]

Năm 1235 liên minh này đã dẫn đến việc khôi phục Tòa Thượng phụ Bulgaria và cuộc hôn nhân giữa Elena xứ Bulgaria, con gái của Ivan Asen II và Theodoros II, con trai của Ioannes III. Cũng trong năm đó, người Bulgaria và người Nicaea cùng tham gia chiến dịch thảo phạt Đế quốc Latinh, và đến năm 1236 họ đã cố gắng vây hãm kinh thành Constantinopolis nhưng không thành công.[6] Sau cùng, Ivan Asen II đã thay đổi chính sách đối ngoại gây mâu thuẫn với đồng minh Nicaea, trở thành một nước trung lập và bỏ rơi Ioannes III cùng những toan tính riêng của ông.

Dù gặp thất bại nhiều lần trong cuộc chiến với Đế quốc Latinh vào năm 1240, Ioannes III đã có thể lợi dụng cái chết của Ivan Asen II vào năm 1241 để áp đặt quyền bá chủ của mình lên Thessaloniki (năm 1242), rồi cho sáp nhập thành phố này, cũng như phần lớn vùng Thracia xứ Bulgaria vào năm 1246.[7] Ngay sau đó, Ioannes III đã có thể thiết lập một vòng vây hữu hiệu lên Constantinopolis vào năm 1247. Trong những năm cuối của triều đại của ông chính quyền Nicaea đã mở rộng thế lực về tận phía tây, nơi mà Ioannes III cố ngăn chặn sự bành trướng của xứ Ípeiros. Những đồng minh của Mikhael là Golem xứ Kruja và Theodore Petraliphas đều chạy sang quy thuận Ioannes III vào năm 1252.[8][9]

Ioannes III qua đời ở Nymphaion vào năm 1254, và được chôn cất tại tu viện Sosandra, do chính ông thành lập, trong vùng Magensia.[10]